低保户缴纳的新农合费用能否退还，需根据具体情况判断，主要分为以下几种情况：
一、可退还的情形
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缴费未生效时去世
若缴费后新农合尚未生效（如缴费到账后未激活或系统延迟），参保人去世后，家属可凭死亡证明向当地社保部门申请退费。
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重复参保
若低保户在农村和城镇均缴纳了新农合，需选择其中一种参保方式。可提供重复缴费凭证申请退费，部分地区要求提供医疗系统缴费记录。
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政策性减免
符合当地政策条件的低保户（如五保户、重度残疾人等），若误缴了全额费用，可提供相关证明材料申请退还多缴部分。
二、不可退还的情形
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正常缴费且符合参保条件
若缴费已生效且符合参保条件（如未达到退休年龄、未享受医保待遇），则无法退还已缴费用。
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缴费后参保
若先缴纳职工社保（如城镇职工医保），由于职工社保优先于新农合，需先终止职工社保才能申请新农合退费。
三、申请退费的流程
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准备材料
需提供身份证、户籍证明、缴费凭证（如银行流水、重复缴费证明）等材料。
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咨询当地社保部门
不同地区政策存在差异，建议提前电话咨询当地社保局或医保部门，确认退费流程和时效。
四、注意事项
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缴费方式影响 ：线上缴费需注意账户绑定信息，避免重复缴费。
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政策差异 ：具体退费比例和时效因地区而异，建议以当地最新政策为准。
若符合上述可退情形，建议尽快联系当地社保部门办理退费手续。