根据《工伤保险条例》及相关法律规定，工伤申请的时间限制如下：

一、用人单位申请时限

用人单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起 30日内 向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况（如用人单位未按规定报告、存在劳动关系争议等），经报社会保险行政部门同意，申请时限可适当延长。

二、劳动者及近亲属申请时限

1. 基本时限

   若用人单位未在30日内申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起 1年内 直接向社会保险行政部门提出申请。

2. 特殊情况处理

   • 若因用人单位原因导致超过1年申请，且不存在劳动关系确认、医疗终结等特殊情形，劳动保障部门将不予受理。

   • 若超过1年申请，但存在劳动关系确认、医疗尚未终结等特殊原因，可申请中止时效，待情形消除后继续申请。

三、超过90天的申请有效性

• 在1年期限内 ：即使超过90天，只要仍在1年时效内，仍可提交申请。

• 超过1年 ：若超过1年且无特殊情形，劳动保障部门将不予受理。

四、注意事项

1. 时效中断与中止

   • 劳动关系存续期间因工伤发生争议的，申请时效中止；劳动关系终止的，时效期间中止计算。

   • 因用人单位原因导致时效中断（如未申报），可重新计算时效。

2. 补正材料与争议解决

   • 若因用人单位未及时提交材料导致申请延迟，可要求其补正；超过规定期限未补正的，工伤认定机关可不予受理。

   • 对工伤认定决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

工伤申请超过90天是否可申请，需结合具体时效节点和是否存在特殊情形综合判断。建议尽早提交申请以确保权益。