不会
关于单位医保中断三个月是否清零的问题，综合权威信息整理如下：
一、医保缴费年限与待遇关系
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连续缴费年限
职工医保的 累计缴费年限 不会因短期断缴而清零。断缴期间已缴费的年限与补缴后的年限会累计计算。
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个人账户余额
单位缴费划入的个人账户余额不会清零，但 统筹账户 的缴费额会中断。断缴期间个人账户仍可正常使用（如门诊、药店购药），但住院费用需自费。
二、断缴三个月的具体影响
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待遇变化
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门诊/药店购药 ：可正常使用个人账户余额。
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住院报销 ：断缴后无法享受医保报销，需连续缴费6个月恢复。
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缴费年限重置
连续缴费年限中断超过3个月需重新计算，但不会影响退休后的养老金计算（按总缴费年限确定）。
三、恢复医保待遇的条件
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补缴时间 ：需连续缴费满6个月才能恢复门诊/住院报销资格。
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等待期 ：部分情况下可能需等待1-3个月（具体以当地政策为准）。
四、建议
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避免断缴 ：医保断缴可能影响医疗费用自费比例，建议通过银行代扣或线上渠道按时缴费。
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特殊情况处理 ：若因失业、离职等特殊原因断缴，可咨询当地社保局了解补缴流程。
单位医保断缴三个月不会导致个人账户清零，但会影响住院报销待遇，需补缴满6个月才能恢复。