如果个人所得税退税填错了但款项已到账，可通过以下方式处理：
一、核对与联系银行
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检查银行账户状态
登录银行APP或网银，确认账户是否处于注销、挂失、冻结、未激活或收支限额等异常状态。若账户异常，需先解决账户问题。
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联系银行客服
若金额较小，可携带身份证件到银行柜台办理退税更正手续。
二、通过税务渠道处理
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在线更正申报
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登录个人所得税APP或税务局官网，进入“年度汇算”或“退税更正”模块，提交正确的申报信息。
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需注意：国库处理中的退税申请无法撤回，但可在此基础上办理更正申报。
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线下办理
携带身份证件到当地税务大厅，提交《个人所得税更正申报表》，说明错误原因并补正信息。
三、特殊情况处理
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银行卡问题 ：若因银行卡状态异常导致退库失败，需先通过银行激活账户（如存入1元）或更换有效银行卡后重新申请。
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异地处理 ：若对处理进度有疑问，可拨打12366税务热线咨询具体地区操作流程。
注意事项
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国库处理通常需3-10个工作日，具体时间因地区而异；
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建议在申请退税时绑定大型商业银行发行的借记卡，避免因账户问题影响退库。
通过以上步骤，可有效处理退税填错但款项已到账的情况。