根据相关法律法规和搜索结果，关于在武汉工作但单位缴纳深圳社保的情况，综合分析如下：

一、社保缴纳的合法性

1. 法律允许跨地区参保

   根据《社会保险法》第七条规定，用人单位可在注册地或员工居住地缴纳社保，不受地域限制。武汉公司选择在深圳缴纳社保是合法的。

2. 特殊情况处理方式

   • 若公司注册地在深圳且员工在深圳工作，社保缴纳地与工作地一致，符合规定。

   • 若公司无深圳分支机构或员工未在深圳居住工作，需经员工同意后，向深圳社保局申请异地参保。

二、对个人权益的影响

1. 待遇享受限制

   • 医疗保险 ：需办理异地就医备案，否则可能无法直接使用深圳医保报销。

   • 养老金计算 ：累计缴费年限满15年且退休时其中一地缴费满10年，可选择该地退休。若两地缴费年限均不足，可能影响养老金待遇。

2. 医疗费用报销问题

   • 若在武汉就医，需通过深圳医保报销，可能面临报销比例降低或自费增加的情况。

3. 公积金差异

   • 深圳公积金缴存比例（最低档5%）低于武汉（普遍12%以上），可能导致个人实际到手金额减少。

三、建议与解决方案

1. 确认参保地与工作地关系

   • 若公司有深圳分支机构或员工确实在深圳工作，建议保留深圳社保；否则需与单位协商调整参保地。

2. 办理异地就医备案

   • 若需在武汉就医，需提前向深圳社保局申请异地就医备案，确保医疗费用可报销。

3. 关注政策变化

   • 全国社保联网正在推进，未来可能实现跨省直接结算，减少异地参保的麻烦。

4. 咨询当地社保局

   • 具体操作流程和待遇细节建议咨询武汉或深圳的社保局，避免因政策差异影响权益。

武汉公司缴纳深圳社保在法律上是可行的，但需注意异地参保带来的权益影响，并根据实际情况选择最优方案。