关于住院期间新农合和商业保险的报销流程及注意事项，综合权威信息整理如下：

一、报销顺序原则

1. 新农合优先于商业保险

   若同时参加了新农合和商业医疗保险，需先通过新农合报销，再向商业保险公司申请理赔。两者报销金额以实际发生的医疗费用为限，且总报销金额不得超过医疗费用总额。

2. 两者可并行报销

   若商业保险条款允许，可同时向新农合和保险公司提交材料，但需注意报销比例和封顶线的规定。

二、具体报销流程

（一）新农合报销流程

1. 住院报销

   • 出院时持合作医疗证、身份证到指定窗口办理出院结算，系统自动扣除医保报销比例（如三级医院20%、二级医院30%等）。

   • 需提供住院发票、费用明细清单、出院小结等材料。

2. 门诊报销

   • 在村卫生室或乡镇级定点医疗机构就诊时，直接刷卡或窗口结算，系统自动减免门诊补偿费用。

3. 特殊病种门诊报销

   • 需提交病例、检查报告、审批表等材料，按年度限额报销。

（二）商业保险报销流程

1. 材料准备

   • 除新农合报销材料外，需附加商业保险报销清单（部分产品需提供合疗本原件）。

   • 若涉及第三方责任，需提供责任方证明。

2. 提交申请

   • 将材料提交至保险公司，保险公司根据条款计算应赔金额。

3. 赔付规则

   • 商业保险按“先社会医疗保险后商业保险”原则，赔付金额与剩余自费金额取较小值。

三、注意事项

1. 报销时间

   • 商业保险需在出院后3个月内提交材料，逾期可能影响赔付。

2. 封顶线限制

   • 新农合和商业保险均设有年度封顶线，超出部分需自费。

3. 重复医疗费用处理

   • 若在商业保险责任范围内已获赔付的医疗费用，新农合将不再重复报销。

4. 异地就医

   • 市外就医需提前办理转诊备案，材料需包含转诊证明。

四、补充说明

• 门诊药费报销 ：新农合对门诊处方药有10元/次、50元/次的限额。

• 意外伤害报销 ：需提供村居证明及医院病案，责任方需第三方赔付时不予受理。

建议办理前仔细阅读保险合同条款，确保材料齐全，避免遗漏影响报销。