合作医疗和农保不是同一概念，具体区别如下：
一、定义与性质
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合作医疗
即新型农村合作医疗保险（新农合），是政府组织、引导、支持，农民自愿参加的医疗保障制度，主要覆盖农村人口，属于医疗保险范畴。
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农保
即新型农村合作养老保险（新农保），是针对农村居民的养老保障制度，属于社会保险中的养老保险类别，与医疗保险独立。
二、保障内容
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合作医疗 ：主要提供医疗费用报销，覆盖门诊、住院等医疗费用，以大病统筹为主。
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农保 ：主要提供基础养老金和个人账户养老金，保障老年基本生活。
三、参保人群
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合作医疗 ：仅限农村户口人群参加。
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农保 ：同样仅限农村户口人群参加。
四、缴费方式
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合作医疗 ：采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式。
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农保 ：由个人缴费、集体补贴和政府补贴构成。
五、其他关系
两者均属于社会保障体系，但分属医疗和养老两大领域，不存在替代关系。部分地区已实现城乡居民医保（原新农合）与新型农村养老保险的合并，统称城乡居民医保，但医保仍属医疗保障范畴，与养老无关。
总结 ：合作医疗是医疗保障制度，农保是养老保障制度，两者功能不同、保障内容独立，但部分地区已通过合并实现制度整合。