公司要为员工停掉农村医保（新农合）的流程及注意事项如下：

一、员工个人停保流程

1. 提交申请材料

   员工需携带身份证、医保卡、户口本等有效证件，前往当地社保中心或新农合经办机构提交书面申请，说明停保原因（如入职新单位、达到退休年龄等）。

2. 办理停保手续

   社保机构审核材料后，将暂停该员工的医保缴费，次月起停止享受医保待遇。部分地区需填写《参保（合）凭证》并提交至县级保险机构。

3. 费用清算与账户处理

   员工需结清所有欠费，社保机构完成账户冻结和注销手续。若存在个人账户余额，将按政策规定退还。

二、注意事项

1. 时间要求

   停保需在医保缴费期结束前办理，避免影响后续医疗保险待遇。

2. 地区差异

   具体流程可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地社保机构确认。

3. 转移或续保

   • 若员工后续参加职工医保，需办理医保关系转移手续，原新农合账户将终止。

   • 职工医保缴费后，原新农合个人账户余额可按政策申请退还。

三、特殊情况处理

• 单位统一停保 ：若单位统一组织停保（如裁员、政策调整），需向社保机构提交集体申请材料。

• 长期在外人员 ：长期在外地工作的农村户籍人员，可咨询原籍医保机构是否允许继续参保。

建议办理前通过当地社保热线（如12333）或官网查询最新政策，确保流程合规。