不一定
农村医保（新农合）与社保（职工社保）是两种不同的社会保险制度 。农村医保主要针对农村居民，而社保则包括基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险等。根据现行政策，农村医保和社保可以同时缴纳，但具体规定可能因地区而异。
- 单位缴费情况 ：
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对于在外地打工的农村居民，交社保可以不将新农合停掉。但是，新农合与社保同时缴费时，在报销医疗费用的问题上不能同时报销。
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对于在当地上班的农村居民，社保和新农合两者只能选其一。如果单位帮其员工缴纳社保，就需要将新农合停掉。
- 个人缴费情况 ：
- 如果灵活就业人员只想获得医疗保障，可以只选择医保进行缴费。但若是用人单位帮其员工缴纳社保的，就不能只交医疗保险，必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
- 系统操作 ：
- 在同一个地区，农保和城镇职工的社保在电脑系统里都可以查得到。如果已经交了农保，再去交城镇职工的社保系统里，可能会有提示，需要将农保信息做暂停，才能够交上。
- 法律依据 ：
- 《中华人民共和国社会保险法》第十六条规定，公民可以根据自己的实际情况和需求，选择适合自己的社会保险类型，并未明确禁止在缴纳农村社保的同时购买职工社保。
综上所述 ，农村医保不停社保是可以交进去的，但具体操作和规定可能因地区和具体情况而异。建议咨询当地社保局或相关部门，了解最新的政策和操作流程。