合作医疗与职工医保在报销方面存在显著差异，主要区别如下：
一、覆盖范围
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参保对象
- 合作医疗 ：仅限农村户籍居民参加。 - 职工医保 ：覆盖城镇所有用人单位及其职工（包括企业、机关、事业单位等），灵活就业人员也可参保。
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缴费主体
- 合作医疗 ：由个人、集体和政府共同筹资，农民自愿参加。 - 职工医保 ：由用人单位和个人共同缴纳，单位缴费比例通常为8%-10%，个人缴费2%。
二、缴费标准与待遇
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缴费标准
- 合作医疗 ：每年费用固定，通常为几百元（具体金额因地区而异）。 - 职工医保 ：单位和个人按月缴纳，费用较高（通常每年几千元）。
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报销比例与起付线
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合作医疗 ：
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报销比例：50%-70%（部分地区可达90%）。 - 起付线：300元起，门诊报销300-600元时开始报销。 - 职工医保 ：
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报销比例：70%-95%（单位职工通常更高）。 - 起付线：门诊2000元、住院1300元起，退休人员比例提高至85%。 - 年度报销限额 ：
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合作医疗 ：约20万元。 - 职工医保 ：约30万元。
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三、保险期限与待遇稳定性
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保险期限
- 合作医疗 ：每年缴费，断缴则失效。 - 职工医保 ：累计缴满25年（男）/20年（女）可终身享受待遇。
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待遇稳定性
- 合作医疗 ：无个人账户，待遇相对固定。 - 职工医保 ：有个人账户，门诊费用可自行垫付后报销，退休后待遇更稳定。
四、其他差异
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门诊报销 ：职工医保在基层医疗机构的门诊报销比例更高；
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大病保障 ：职工医保对重大疾病有分段报销政策，起付线更低；
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系统管理 ：职工医保由社保系统管理，覆盖范围更广。
总结
职工医保在报销比例、年度限额和长期保障方面更具优势，适合追求稳定保障的城镇职工；合作医疗则通过较低费用覆盖基本医疗需求，适合经济条件较差的农村居民。选择时需根据户籍、就业状态及经济能力综合考量。