医保账户合并后原账户余额的去向需根据具体情况判断，主要分为以下几种情况：
一、医保账户合并的情况
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同一社保经办机构合并
若原账户与现账户在同一社保经办机构，可凭身份证直接办理账户合并手续，原账户余额将转入新账户。
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跨地区转移合并
若原账户与现账户不在同一社保经办机构，需先办理账户转移，转移时原账户余额会随缴费年限一并转入新参保地账户。部分城市（如上海、天津）允许直接转移账户资金，而多数城市会将资金清退至个人银行账户。
二、离职后医保账户余额处理
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转移至新用人单位
离职后若立即入职新单位，可将原医保账户余额转移至新单位账户并合并使用，需通过当地社保经办机构办理手续。
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个人账户留存
若停止参保，个人账户余额可保留用于后续就医或退休后领取医保待遇。
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个人账户清退
部分城市允许申请将个人账户余额退还至银行账户（如长沙可通过提供消费发票办理异地提现）。
三、其他特殊情况
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医保类型转换 ：如职工医保转为城乡居民医保，个人账户余额可申请返还（需符合当地政策）。
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系统调整 ：部分地区（如呼和浩特）允许异地转移时直接携带资金到转入地办理，无需返回原参保地。
总结
医保账户合并时原账户余额的去向取决于转移政策和个人参保状态。建议办理前咨询当地医保部门，确认具体操作流程及余额处理方式。