异地农村合作医疗住院报销流程可分为以下步骤，综合多个权威信息源整理如下：

一、转诊备案

1. 线上备案

   通过“国家异地就医备案”小程序或“国家医保服务平台”APP办理，需填报个人信息并选择异地定点医疗机构。

2. 线下备案

   携带身份证、新农合医疗证到县级合管办办理转诊备案手续，部分城市支持直接刷卡结算。

二、异地就医

1. 选择定点医院

   通过医保平台查询可联网结算的异地定点医疗机构，避免二次转诊。

2. 办理住院手续

   携带身份证、新农合医疗证、转诊备案手续办理住院手续。

三、费用报销

1. 联网结算

   在支持联网的异地医院直接刷卡结算，个人自付10%-40%（根据医院级别和医保政策），剩余部分由医保审核报销。

2. 非联网结算

   出院后携带身份证、新农合医疗证、病历复印件、住院结算单、费用清单、转诊备案手续回参保地报销。

四、其他注意事项

1. 材料准备

   • 必备文件：身份证、新农合医疗证、转诊备案证明、住院结算单、费用清单等。

   • 补充材料：居住证明（异地长期居住）、务工证明（异地务工人员）等（部分地区要求）。

2. 报销比例

   一般起付线约2000元，报销比例根据医院级别和参保地政策确定，三级医院比例较高。

3. 特殊情况处理

   • 若当地不支持异地结算，需全额垫付后返回参保地报销。

   • 代理申请需提交代理人身份证及与患者关系证明。

建议办理前通过医保官方渠道确认最新政策，避免因材料不全或流程错误影响报销。