不合法
休年假扣全勤奖是不合法的 。根据《职工带薪年休假条例》和相关法律规定，职工在享受带薪年休假期间，其工资收入应保持不变，包括奖金收入。具体依据如下：
- 法律规定 ：
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《职工带薪年休假条例》第二条规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作一年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
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《企业职工带薪年休假实施办法》第十条规定，用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工休假天数少于应休年休假天数的，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。
- 工资构成 ：
- 根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。劳动者应获得的全勤奖属于工资范畴，单位不应因员工依法休带薪年休假而减少员工的工资收入，其中包括奖金收入。
- 实践中的规定 ：
- 在实际工作中，许多用人单位会在员工手册或规章制度中明确规定，员工在休年假期间不享受全勤奖。但这种做法并不符合法律规定，因为年休假是法定待遇，不应影响员工的工资收入。
休年假扣全勤奖违反了《职工带薪年休假条例》和相关法律规定，属于违法行为。用人单位应保证员工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，包括奖金收入。如果用人单位因员工休年假而扣发全勤奖，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律途径维护自己的合法权益。