关于法院评估车辆收费5000元是否合法的问题，需结合不同场景和地区标准综合判断：
一、司法鉴定费用标准
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交通事故车辆鉴定
交通事故车辆鉴定属于司法鉴定范畴，但不同地区收费标准存在差异：
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收费上限 ：多数地区评估费不得超过5000元，例如：
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浙江省标准：2.5万元以下按0.6%、2.5-5万元按0.5%、5-20万元按0.4%、20万元以上按0.3%收取，最低收费100元/辆；
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湖北省标准：10000元以下5%、10000-30000元4%、30000-60000元3%、60000元以上2%，最高收费5000元。
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垫付与承担 ：评估费通常由申请方垫付，最终由被执行人承担。
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其他场景的司法鉴定
例如助动车鉴定，若法院收取5000元且未明确依据，可能涉及收费不规范问题，但具体判断需结合当地司法实践。
二、法院查封扣押车辆评估费
若涉及法院查封扣押车辆的评估（如拍卖），评估费一般由 申请强制执行人垫付 ，后续由被执行人承担。但需注意：
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部分机构可能违规要求当事人垫付，需警惕不合理收费；
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收费标准可能因地区而异，建议咨询当地法院或物价部门。
三、建议与注意事项
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核实收费依据 ：要求法院提供收费明细及依据，对照当地收费标准判断；
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保留证据 ：支付前留存书面协议或发票，便于后续维权；
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投诉渠道 ：若认为收费过高或违规，可通过当地物价部门或法院监督部门投诉。
5000元是否合法需结合具体评估类型、地区标准及收费程序判断，建议通过正规渠道核实后决策。