小颌畸形综合征的病因尚未完全明确，可能与以下因素有关：
- 遗传因素：部分小颌畸形综合征具有家族遗传倾向，可能是常染色体遗传性疾病，但具体遗传机制尚不明确。研究表明，某些特定的基因突变或染色体异常可能导致颌骨和面部结构的发育异常，从而引发小颌畸形综合征。例如，一些患者可能存在与下颌骨发育相关的基因缺陷，影响了下颌骨的正常生长和发育。
- 胚胎发育障碍：
- 营养因素：妊娠早期母亲营养不良，如缺乏钙、维生素 D 等重要营养素，可能影响胚胎下颌骨的正常发育。胎儿无法获得足够的营养物质，导致下颌骨发育不良，进而引发小颌畸形综合征。
- 药物因素：母亲在孕期使用某些药物，如四环素等，可能对胎儿的发育产生不良影响，增加小颌畸形综合征的发病风险。药物可能干扰胚胎细胞的正常分化和增殖，影响下颌骨的形成。
- 放射线因素：孕期母亲接触放射线，如 X 线等，辐射可能导致胚胎细胞损伤，影响下颌骨等面部结构的正常发育，使胎儿患小颌畸形综合征的概率增加。
- 毒素因素：母亲在孕期接触某些毒素，如铅、汞等重金属，或农药等有毒物质，这些毒素可能通过胎盘进入胎儿体内，干扰胚胎的正常发育过程，导致小颌畸形综合征。
- 病毒感染：孕期母亲感染某些病毒，如风疹、麻疹、水痘或巨细胞包涵体病毒等，病毒经胎盘感染胎儿，可能影响胚胎的面部发育，引发小颌畸形综合征。尤其是在妊娠早期，胎儿的器官和组织处于快速分化和形成阶段，病毒感染的影响可能更为严重。
- 其他因素：
- 羊水过少：羊水过少可能限制胎儿在子宫内的活动空间，影响下颌骨的正常生长和发育，增加小颌畸形综合征的发生风险。
- 神经性肌张力下降：可能导致下颌骨运动不足、生长缓慢，最终引起下颌骨偏小，进而引发小颌畸形综合征。舌头在发育中自然位置后移（即舌后坠），也会阻碍上颚的腭突上抬，容易形成腭裂，这也是小颌畸形综合征的常见表现之一。