在南京，治疗吞咽疼痛的医院有很多，以下是一些在疼痛科和相关专科领域有较高声誉的三甲医院，您可以根据自己的需求选择合适的医院：
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江苏省肿瘤医院：作为三级甲等肿瘤专科医院，江苏省肿瘤医院在疼痛治疗方面有丰富的经验和专业的医疗团队。
- 地址：南京市百子亭42号
- 电话：025-83283597(总机)
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南京市中西医结合医院：这是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、养生为一体的国家公立三级甲等中西医结合医院，在疼痛治疗方面有独特的中西医结合治疗方法。
- 地址：江苏省南京市玄武区孝陵卫179号
- 电话：025-85370528(咨询)
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南京鼓楼医院：作为中国最早的西医院之一，南京鼓楼医院在疼痛治疗方面有悠久的历史和丰富的经验，尤其在神经外科和口腔科方面有较强的实力。
- 地址：北院：南京市中山北路53号；本院：南京市中山路321号；江北院区：南京市江北新区浦珠中路359号
- 电话：025-83106666(总机)
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东南大学附属中大医院：作为一所综合性三级甲等医院，东南大学附属中大医院在疼痛治疗方面有全面的医疗服务和专业的医疗团队。
- 地址：江北院区：江苏省南京化工园区健民路211号；本部：江苏省南京市丁家桥87号；北院：南京市新模范马路
- 电话：025-83272114(咨询)
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南京医科大学第二附属医院：作为南京医科大学直属临床教学医院，南医大二附院在疼痛治疗方面有丰富的教学和临床经验。
- 地址：本院:南京市下关区姜家园121号；东院:南京市鼓楼区中山北路262号
- 电话：总机:025-58509900
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江苏省中医院：作为一所综合性三级甲等中医院，江苏省中医院在疼痛治疗方面有独特的中医治疗方法和丰富的临床经验。
- 地址：南京市秦淮区汉中路155号
- 电话：025-86617141(总机)
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东部战区总医院：作为一所综合性三级甲等医院，东部战区总医院在疼痛治疗方面有全面的医疗服务和专业的医疗团队。
- 地址：江苏省南京市玄武区中山东路305号
- 电话：025-80860114(总机)
以上医院都是南京地区治疗吞咽疼痛的优秀选择，您可以根据自己的需求和健康状况选择合适的医院进行就诊。如果您有特定的医生或治疗方法的需求，建议您提前咨询医院或医生，以便获得更准确的信息和建议。