以下是黑龙江牡丹江治疗肚子疼比较好的医院：
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牡丹江医学院附属第二医院：牡丹江医学院第二附属医院（简称牡医二院）建于1946年，是一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合医院，前身是牡丹江铁路医院，现隶属于牡丹江医学院。
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牡丹江市第二人民医院：牡丹江市第二人民医院始建于1977年1月17日，经过几代人的不懈努力，如今已发展成为一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复和急诊急救为一体的大型三级甲等综合性医院集团，下设三个分院和四个社区卫生服务中心。
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牡丹江结核肿瘤医院：牡丹江市结核肿瘤医院是一所集结核、肿瘤疾病的预防、医疗、教学、科研、保健、康复于一身的特色专科医院，其前身牡丹江市结核病防治院始建于1962年，1990年11月在结核病防治院的基础上成立了牡丹江市肿瘤医院。
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牡丹江市中医院：牡丹江市中医院暨牡丹江市中西医结合医院是一所集医疗、科研、教学、预防、保健于一体的三级甲等中医院。医院建筑面积1.2平方米，开放床位300张。现有职工372人，其中省、市、院名中医16人，正高职11人，副高职72人。医院科室齐全，设有四个省级重点专科：省中风病治疗中心、省儿科疾病诊治重点专科、省非药物治疗中心及肛肠疾病诊治重点专科。设备先进，拥有高档螺旋CT、彩超、电子胃镜、肠镜、膀胱镜、宫腔镜和支气管镜及数字化胃肠机、全自动生化仪，满足了患者诊治需求。
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牡丹江市传染病医院：传染病医院位于黑龙江省牡丹江市爱民区西地明街38号，是一家二级乙等专科医院。医院的联系电话是0453-6522306。
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林口县妇幼保健院：林口县妇幼保健院是一所以妇女儿童保健为中心，以妇女儿童常见病诊疗为主的公益性非盈利医院。是全县妇幼保健技术指导中心，承担着全县妇女儿童保健、常见病多发病诊疗任务。
以上这些医院都是当地较为知名的医疗机构，在治疗肚子疼方面具有较高的专业水平和丰富的临床经验。如果您在选择医院时有任何疑问，建议您咨询专业人士或直接联系医院获取更多信息。