南通社保在南京的使用情况需根据参保类型和就医地政策综合判断，具体如下：
一、基本养老保险
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跨省转移接续
若在南通缴纳基本养老保险并办理了跨省转移接续手续，且南京已开通省卡，参保人可在南京直接使用社保待遇。
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未办理转移
若未办理转移手续，需在南京重新参保，待遇将回溯至南通参保地计算。
二、医疗保险（含异地就医）
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异地就医备案
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备案要求 ：需在南京办理异地就医备案，且需使用江苏省统一标准的 江苏省省卡 （南京市民卡不可直接使用）。
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报销流程 ：持转诊证明、医疗费用发票、用药明细表、单位证明等材料，在南京社保窗口办理异地就医登记，回南通后通过社保局报销。
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直接刷卡结算
若异地医院支持联网结算，且参保人持江苏省省卡，可实现直接刷卡结算。
三、注意事项
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社保卡类型 ：南通医保卡需通过“全国社保卡服务网”开通“跨省异地就医直接结算”功能，且需办理异地就医备案。
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政策差异 ：不同城市社保政策存在差异，建议参保前通过当地社保局或官方渠道确认最新规定。
四、办理建议
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办理跨省转移 ：若希望避免异地就医备案流程，可联系南通社保局办理基本养老保险跨省转移接续。
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异地就医备案 ：若选择在南京就医，需提前通过南京社保局官网或线下窗口办理备案手续。
南通社保在南京的使用需根据参保类型和是否办理异地就医备案决定，建议提前咨询两地社保部门确认具体流程。