肾上腺皮质功能减退症的病因主要有以下几方面：
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肾上腺结核：在结核病较流行的地区和国家，肾上腺结核是肾上腺皮质功能减退症的常见病因。双侧肾上腺组织被大量破坏，导致肾上腺皮质激素分泌不足。
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自身免疫性肾上腺炎：由自身免疫反应引起肾上腺组织损伤。患者血清中可检测到抗肾上腺抗体，常合并其他自身免疫性疾病，如特发性血小板减少性紫癜、甲状腺功能亢进症等。
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真菌感染：如系统性真菌感染、艾滋病相关的机会性感染等，可引起肾上腺组织破坏，影响激素合成和分泌。
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肿瘤转移：起源于肺、乳腺、结肠的癌肿常转移至双侧肾上腺，当90%以上的腺体组织被破坏时，临床才出现功能减退的表现。
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先天性疾病：如先天性肾上腺皮质增生症，由于肾上腺皮质激素合成相关酶的遗传缺陷所致；肾上腺脑白质营养不良和肾上脑脊髓神经病也可引起本病。
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药物因素：某些药物能抑制肾上腺皮质激素合成酶的活性，导致肾上腺皮质功能低下。
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肾上腺手术切除：双侧肾上腺全部切除或一侧全切、另一侧次全切除后，或单侧肿瘤切除而对侧萎缩者，如术前准备不周、术后治疗不当或激素补给不足、停药过早等均可诱发本症。
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下丘脑-垂体疾病：如鞍区肿瘤、自身免疫性垂体炎、外伤、手术切除、产后大出血引起垂体大面积梗死坏死等，导致促肾上腺皮质激素释放激素（CRH）或促肾上腺皮质激素（ACTH）分泌不足，从而引起继发性肾上腺皮质功能减退。
总的来说，肾上腺皮质功能减退症病因多样，涉及肾上腺结核、自身免疫、感染、肿瘤转移、先天性疾病、药物影响、手术及下丘脑 - 垂体病变等多方面，准确诊断病因对于有效治疗至关重要。