肠道病毒可引起无菌性脑膜炎、脑炎、心肌炎、疱疹性咽峡炎、手足口病等多种疾病，不同疾病晚期症状有所不同。以下是一些常见的肠道病毒所致各系统感染的晚期症状：
- 神经系统感染
- 无菌性脑膜炎：晚期可能出现持续性头痛、恶心、呕吐，脑膜刺激征可持续数周甚至数月，部分患者还可能出现暂时性肌力减退，体力恢复缓慢。
- 脑炎：病情多危重，可出现频繁惊厥、昏迷、呼吸衰竭和心力衰竭等症状，还可能伴有脑电图异常。
- 瘫痪性疾病：在大流行中，重症患者可能出现延髓麻痹，表现为呼吸肌麻痹、吞咽困难、声音嘶哑等，严重影响呼吸和进食功能。
- 心脏疾病
- 急性心肌炎伴心功能衰竭：患者会有严重的呼吸困难、发绀、肺水肿，心音低钝，脉搏浅速，肝脏急剧增大，可迅速进展为心源性休克，危及生命。
- 心律失常：轻者可持续数月不愈，重者可能反复发作达数年之久，严重的心律失常如室速、室颤等可能导致心脏骤停。
- 猝死：多见于青壮年，常在夜间发生，尸检证实为心肌缺血、广泛心肌坏死或梗死。
- 慢性心肌病：可表现为进行性心力衰竭、心脏扩大，还可能出现各种心律失常，严重影响心脏功能，降低生活质量。
- 流行性肌痛或称流行性胸痛：主要表现为发热和阵发性肌痛，可累及全身肌肉，而以腹部肌最多见，尤以膈肌受累为多。肌痛轻重不一，重者甚至可引起休克，肌肉活动时肌痛加剧，一般 4～6 日后自行消失，但该病可间歇反复发作。
- 疱疹性咽峡炎：表现为发热、咽痛，吞咽时咽痛更突出。咽部充血，在咽部、上颚、悬雍垂或扁桃体上可见散在灰白色疱疹，直径约 1～2mm，四周围以红晕，疱疹溃破形成黄色溃疡，一般 4～6 日后自愈。
- 手足口病
- 心肺功能衰竭前期：表现为心率、呼吸增快，出冷汗、皮肤花纹、四肢发凉，血压升高，血糖升高，外周血白细胞升高，心脏射血分数可异常。
- 心肺功能衰竭期：临床表现为心动过速或心动过缓，呼吸急促，口唇发绀，咳粉红色泡沫痰或血性液体，持续血压降低或休克。亦有病例以严重脑功能衰竭为主要表现，出现频繁抽搐、严重意识障碍及中枢性呼吸循环衰竭等，病死率较高。
需要注意的是，并非所有肠道病毒感染都会进展到晚期严重症状，大多数患者病情较轻，经适当治疗后可恢复。如果怀疑有肠道病毒感染，应及时就医，以便早期诊断和治疗，避免病情恶化。