新生儿先天性膈疝的处理方法如下：
- 产前处理：若产前诊断出胎儿先天性膈疝，应由产科超声专家及胎儿超声心动图专家检查有无其他畸形和心脏异常，判断是否合并染色体异常，如 18 - 三体综合征等。之后经围产医学专家讨论，决定是否中止妊娠、进行胎儿手术或待出生后再手术。
- 产后处理：
- 内科治疗：主要为术前准备，包括及时胃肠减压，通过胃管使患儿胃排空，避免面罩通气引起胃肠胀气加重对肺的压迫；吸氧，纠正酸中毒，维持热量及体液平衡；根据心脏发育情况和心脏功能的评估酌情使用血管活性药物。
- 通气策略：产前确诊或出生后有明显症状的患儿要及早行机械辅助通气。采用低吸气压力峰值（<20 - 25cmH₂O）、最小呼气末正压（2 - 5cmH₂O）、允许性高碳酸血症等通气策略。高频振荡通气也广泛应用，其对肺损伤轻微，适用于常规辅助通气无效的急性呼吸衰竭新生儿。
- 降低肺动脉高压策略：超声心动图应常规应用于监测肺动脉高压，肺动脉压和收缩压比值可作为评估指标。吸入性一氧化氮（iNO）能选择性降低肺动脉压，对全身血压无影响，可用于降低高风险患儿的肺动脉高压及右心衰辅助治疗。当 iNO 治疗无效或出现右向左分流时，可使用前列腺素 E₁。
- 手术治疗：确定诊断后应尽早择期手术，若有嵌闭则需急诊手术。手术方式包括传统的开放性手术（经胸或经腹膈疝修补术）和腹腔镜或胸腔镜下手术。胸腔镜膈疝修补术具有切口长度短、手术时间短、术后恢复快等优点，但创伤性膈疝或合并脏器损伤的患儿一般不推荐使用。
术后还需要进行密切的监护和护理，包括呼吸支持、营养支持等，以促进患儿的康复，并预防并发症的发生，如新生儿持续肺动脉高压、出血、乳糜胸、补片感染、呼吸系统疾病、胃肠道疾病等。