昌吉回族自治州下辖的行政区域如下：
一、县级行政单位
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昌吉市
州府所在地，天山北麓、准噶尔盆地南缘，总面积8215平方公里。
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阜康市
由昌吉回族自治州代管，位于新疆中北部，总面积8545平方公里，是丝绸之路北道上的重要驿站。
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玛纳斯县
地处新疆腹地，总面积11067平方公里，拥有玛纳斯国家湿地公园等旅游资源。
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呼图壁县
准噶尔盆地南缘，总面积9721.6平方公里，包含世纪园、马桥故城等景点。
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吉木萨尔县
天山北麓东端，总面积8848平方公里，以“油盆煤海气库”著称。
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奇台县
边境县，总面积1.93万平方公里，与蒙古国接壤，有乌拉斯台口岸。
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木垒哈萨克自治县
草原与沙漠交织，总面积1143平方公里，以肥沃土地和草原景观闻名。
二、行政区划调整说明
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原米泉市划归乌鲁木齐市 （2019年），因此当前统计中不再单独列出。
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统计口径差异 ：部分早期资料可能将昌吉市、阜康市列为“县”，但根据最新官方文件，二者均为县级市。
三、补充信息
昌吉州总面积7.35万平方公里，总人口约161.4万人，下辖5县、2市及3个国家级园区。州府昌吉市是离乌鲁木齐最近的城市，经济总量在州内居首。