真菌性食管炎的危害程度因个体差异而异，一般情况下通过及时治疗，危害相对较小，但在某些情况下危害较大，具体如下：
一般情况
- 症状对生活质量的影响相对较小：常见症状为吞咽疼痛、吞咽不畅感或吞咽困难，以及胸骨后疼痛或烧灼感。多数患者经过规范的抗真菌治疗后，症状可迅速改善，X 线及内镜下改变 1 周左右即可完全恢复，对生活质量的影响能得到较好控制。
特殊情况
- 并发症风险高，危害较大：若不及时治疗，可能引发多种严重并发症。
- 食管狭窄：真菌团侵蚀食管黏膜，破坏黏膜组织，久而久之形成瘢痕，导致食管狭窄，引起狭窄处梗阻，严重影响进食，降低患者生活质量。
- 上消化道出血：食管黏膜被破坏，严重时可致食管溃疡，进而引发上消化道出血，出现呕血、黑便等症状，严重者可导致贫血甚至休克，威胁生命健康。
- 食管穿孔：这是一种少见但病情险恶的并发症，可引起致死性的纵隔炎、纵隔脓肿和主动脉破裂等，死亡率较高。
- 食管 - 气管瘘：食管病变可导致气管与食管之间出现瘘道，使食物或胃液进入气管，引发呛咳、肺部感染等，严重影响呼吸功能，增加肺部感染的风险，甚至危及生命。
- 败血症：真菌扩散以及继发性细菌感染可导致败血症，病菌进入血液循环并生长繁殖，产生毒素，引发急性感染，病情凶险，死亡率高。
- 特定人群危害大：对于免疫力低下的人群，如艾滋病患者、恶性肿瘤患者（尤其是晚期肿瘤或正在进行放化疗者）、长期使用糖皮质激素或免疫抑制剂者、先天性免疫缺陷综合征患者等，真菌性食管炎可能迅速进展，引发严重感染，甚至危及生命。