阿米巴肠病的表现多样，具体如下：
- 无症状的带虫者：患者受到溶组织内阿米巴的感染，但阿米巴原虫仅作共栖存在，90% 以上的人不产生症状成为包囊携带者。不过在适当条件下，阿米巴原虫可侵袭组织，引起病变，出现症状。
- 急性非典型阿米巴肠病：发病较缓慢，无明显全身症状，可有腹部不适，仅有稀便，有时腹泻，每日数次，但缺乏典型的痢疾样粪便，与一般肠炎相似，大便检查可发现滋养体。
- 急性典型阿米巴肠病：起病往往缓慢，以腹痛腹泻开始，大便次数逐渐增加，每日可达 10 - 15 次之多，便时有不同程度的腹痛与里急后重，后者表示病变已波及直肠。大便带血和黏液，多呈暗红色或紫红色，糊状，具有腥臭味。病情较重者可为血便，或白色黏液上覆盖有少许鲜红色血液。患者全身症状一般较轻，在早期体温和白细胞计数可有升高，粪便中可查到滋养体。
- 急性暴发型阿米巴肠病：起病急剧，全身营养状况差，重病容，中毒症状显著，高热，寒战，谵妄，腹痛，里急后重明显，大便为脓血便，有恶臭，亦可呈水样或泔水样便，每日可达 20 次以上，伴呕吐、虚脱，有不同程度的脱水与电解质紊乱。血液检查中性粒细胞增多，易并发肠出血或肠穿孔，如不及时处理可于 1 - 2 周内因毒血症而死亡。
- 慢性迁延型阿米巴肠病：通常为急性感染的延续，腹泻与便秘交替出现，病程持续数月甚至数年不愈。在间歇期间，可以健康如常，复发常以饮食不当、暴饮暴食、饮酒、受寒、疲劳等为诱因，每日腹泻 3 - 5 次，大便呈黄糊状，可查到滋养体或包囊。患者常伴有脐部或下腹部钝痛，有不同程度的贫血、消瘦、营养不良等。
阿米巴肠病还可能引发肠道并发症，如肠出血、肠穿孔、阑尾炎、中毒性巨结肠、非痢疾性结肠病变等，也可引起肝、肺、胸膜、心包、脑等肠外并发症。