烟台毓璜顶医院是市属的医疗机构。它隶属于烟台市卫生健康委员会管理,并且是烟台市最大的综合性医疗保健中心、三级甲等综合医院。虽然它与青岛大学有附属关系,作为青岛大学医学院的附属医院,并且也是山东大学、大连医科大学、滨州医学院、潍坊医学院的教学医院和研究生培养基地,但这些合作关系并不改变其市属性质。
烟台毓璜顶医院还承担着烟台市涉外定点医院的角色,服务于烟台市及其周边地区的居民,并在区域内发挥着重要的医疗服务作用。它的建立和发展历程中经历了多次更名,最终于1983年随着烟台撤地设市而恢复为“烟台毓璜顶医院”的名称,这也进一步确认了其作为烟台市属单位的身份。
尽管烟台毓璜顶医院在教育和科研方面有着广泛的省级乃至国家级合作,但它本质上是一家由烟台市政府通过烟台市卫生健康委员会直接管理的市级医疗机构。