当发票数量与实际数量不符时，应采取以下步骤进行处理：
- 查明原因 ：
- 确定造成发票数量与实际数量不符的原因。可能的原因包括合理损耗、非正常损失、单价变化等。
- 内部处理 ：
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如果是由于企业自身原因（如管理不善导致的损耗），则需要自行处理，如调整库存记录、加强内部管理。
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如果是供应商的原因（如发错货），则应联系供应商补货或调整发票。
- 财务处理 ：
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根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，非正常损失的购进货物及相关应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。因此，需要根据实际入库数量进行财务处理，确保进项税额的正确抵扣。
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如果发票数量多于实际收到数量，应开具负数发票进行冲销，而不是直接扣除税金。
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如果发票数量少于实际收到数量，应确保按照实际收到的数量入账，并在后续收到货物时补开发票。
- 税务合规 ：
- 确保所有发票和财务记录符合当地税务法规的要求。如果存在差异，应及时与税务部门沟通，确保合规性。
- 记录和报告 ：
- 详细记录所有与发票数量不符的情况，并在财务报表中进行相应调整。必要时，应向管理层或相关监管机构报告差异的原因和处理结果。
建议 ：
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及时沟通 ：与供应商和内部相关部门保持沟通，确保信息准确无误。
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调整记录 ：根据实际入库数量调整库存记录和财务记录，确保账实相符。
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遵循法规 ：严格按照《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关税务法规进行财务处理，确保税务合规。
通过以上步骤，可以有效处理发票数量与实际数量不符的问题，确保企业财务的准确性和合法性。
