在淘宝平台上，商家有时会遇到设置新疆地区运费后却显示包邮的情况。这种情况可能由多种因素导致，以下是一些可能的原因及解决方法：

1. 平台活动或政策：淘宝平台可能会不定期推出针对新疆地区的包邮活动或优惠政策，以鼓励商家拓展新疆市场或提升用户体验。在这种情况下，即使商家设置了新疆地区的运费，也会因为平台活动而显示包邮。这种情况下，商家需要关注平台通知，了解活动规则和时间范围，以便及时调整店铺运费设置。

2. 运费模板设置问题：商家在设置运费模板时，可能没有正确排除新疆地区或误将新疆地区设置为包邮。这会导致商品详情页中显示新疆包邮，而实际运费模板中并未真正排除该地区。此时，商家需要登录淘宝卖家中心，进入“物流工具”板块，找到正在使用的运费模板，点击右侧的“修改”按钮，进入编辑状态。在编辑页面，找到“特殊地区设置”或“偏远地区设置”相关选项，取消勾选“新疆”地区的包邮设置，保存修改。

3. 系统缓存或延迟：有时候，由于系统缓存或网络延迟等原因，商品详情页中的运费信息可能没有及时更新。这会导致即使商家已经修改了运费模板，消费者仍然看到旧的包邮信息。这种情况下，商家可以尝试清除浏览器缓存或等待一段时间后再次查看商品详情页。如果问题依然存在，建议联系淘宝客服寻求帮助。

4. 第三方软件冲突：如果商家使用了第三方电商管理软件来管理店铺和运费设置，这些软件可能与淘宝平台存在兼容性问题或数据同步延迟。这可能导致商品详情页中的运费信息与实际运费模板不一致。为了解决这个问题，商家可以尝试暂时关闭第三方软件，直接在淘宝卖家中心进行运费设置和管理。

当遇到淘宝新疆设置了运费却包邮的问题时，商家应首先确认是否受到平台活动或政策的影响；然后检查运费模板设置是否正确；接着考虑系统缓存或延迟的可能性；最后排查第三方软件冲突的问题。通过以上步骤逐一排查和解决问题，商家可以确保运费设置的准确性和一致性。