农村合作医疗（简称“新农合”）确实可以报销甲亢（甲状腺功能亢进症）相关的治疗费用。根据现有信息，对于有新农合的甲亢患者来说，在治疗时所产生的检查费用和药物费用都是可以根据实际情况来按比例进行报销的。
如果甲亢患者需要住院治疗，那么在出院时可以直接在乡卫生院核报，起付线为150元，超过起付线后按75%的比例核报。同时，不同级别的医院或者地区所报销的比例也会有所差异，例如在三级医院估计可以报销45%-50%（一年200元上限）。
门诊方面，普通门诊报销比例通常为50%，每人每年报销封顶80元；而门诊观察每日最多可报销30元，每年最多可报销1000元。但是需要注意的是，门诊费用是否能够报销取决于当地的新农合政策，有的地方可能仅限于住院费用的报销。
为了确保能够顺利报销，患者应该按照以下步骤操作：
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备案：需要前往医保局进行慢性病备案。备案成功后，患者会获得一个慢性病证，这将使他们在治疗过程中享受更高的医保报销比例。
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提供凭证：在报销过程中，患者需要提供如住院证明、住院收费收据以及住院费用清单等必要的凭证。
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定点医疗机构就诊：患者需在指定的定点医疗机构就诊才能享受报销政策，并且要遵守关于药品和诊疗项目的限制。
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异地就医：如果是异地就医，则一般需要提前办理转诊手续，并且回到参保地后按照规定的流程进行报销。
值得注意的是，虽然甲亢属于可以报销的疾病之一，但具体的报销政策会因地区和个人情况的不同而有所变化。因此，建议甲亢患者在治疗前咨询当地的医保部门或查阅最新的医保政策，以获取最准确的信息。由于医疗保障政策可能会随时间调整，所以保持对最新政策的关注是非常重要的。
