关于上海治疗甲状腺疾病的医院排名，由于不同榜单和评价标准的差异，因此没有查询到具体的信息。不过，根据搜索结果，可以归纳出上海地区在甲状腺疾病治疗方面表现突出的医院有：
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复旦大学附属中山医院：该医院普外科是国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科和卫计委国家临床重点专科，连续多年在中国医院最佳专科声誉排行榜中名列前茅。其普外科在疑难及危重甲状腺疾病的诊治方面具有较高水平，并建立了随访评估系统，为病人开展长期、规范的随访。复旦大学附属中山医院的内分泌科在全国内分泌科排名中也相当靠前，对于甲状腺相关疾病的诊治也有一定优势。
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复旦大学附属华山医院：该医院甲乳外科人才梯队结构合理，学术地位高，社会知名度一流。开展了超声引导下穿刺细胞学检查，使甲状腺肿瘤的诊断水平与国际接轨。同时，复旦大学附属华山医院的综合排名也很高，在全国范围内享有盛誉。
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上海交通大学医学院附属仁济医院：作为国内较早成立普通外科学系的医学院校和科室之一，上海交通大学医学院附属仁济医院在甲状腺疾病的诊治方面也有丰富经验。其普外科拥有多个专业组，包括胆胰、门脉高压症、胃肠、肛肠、甲状腺、乳房、腹壁与疝等，能够为患者提供全面的诊疗服务。
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上海交通大学医学院附属第九人民医院：该医院普外科已经形成了鲜明的专业特色，特别是在肠痿与腹腔感染炎症性肠病、放射性肠炎、肠梗阻、短肠综合征、肥胖合并睡眠呼吸暂停、症与腹壁缺损、门静脉高压症、甲状腺疾病等方面达到了国内领先水平。
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上海市第六人民医院：该医院普外科由十个专业组成，其中胰腺肿瘤诊治在国内享有声誉。目前主要开展的手术包括胆囊切除术、阑尾切除术、肝脓肿引流术、结直肠肿瘤切除术、急性重症胰腺炎引流术、胃穿孔修补术、甲状腺癌根治术等。
请注意，以上排名仅供参考，具体选择哪家医院还需根据患者的病情、医院的特色科室、医生的专业背景以及患者的个人需求等因素综合考虑。同时，建议患者在就医前咨询相关专家或医生，以获取更专业的建议和治疗方案。