根据2025年最新信息，深圳市在消化系统疾病（包括腹痛）治疗方面有多家专业医院可供选择，以下为综合实力较强的医院推荐及科室信息：
一、综合实力较强的三甲医院
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深圳市第二人民医院
- 三级甲等公立综合医院，消化内科具备先进诊疗设备与专业团队，擅长腹痛伴恶心、呕吐等急症及慢性病的综合治疗。
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北京大学深圳医院
- 三级甲等综合医院，胃肠外科在消化道疾病手术（如腹腔镜微创手术）方面经验丰富，可减少术后并发症。
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深圳市人民医院
- 三级甲等公立医院，急诊科及消化内科均具备处理急症的能力，拥有广东省医学特色专科消化病专科。
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深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）
- 三甲公立综合医院，感染病科和肝病科为特色科室，对腹痛相关的感染或肝胆疾病有深入研究。
二、专科医院及重点科室
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深圳市儿童医院
- 三级甲等儿童专科医院，中医儿科为省级重点专科，擅长儿童腹痛的中医药调理。
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深圳市人民医院肝胆胰外科
- 2024年新增粤港澳大湾区肝胆胰医院院士门诊，依托清华长庚医院合作平台，专注肝胆胰疾病诊疗。
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深圳市平乐骨伤科医院
- 专注于骨科疾病，但消化系统溃疡病治疗中结合中医手段，提供综合化治疗。
三、其他推荐医院
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深圳市中医院 ：中医特色鲜明，脾胃病科通过中药内服外敷调理肠胃功能。
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深圳市南山区医院 ：如深圳大学总医院，腹膜肿瘤免疫治疗为特色，可针对复杂腹痛病因（如肿瘤）提供专业方案。
四、选择建议
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急症处理 ：优先选择深圳市人民医院急诊科或北京大学深圳医院胃肠外科。
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中医调理 ：深圳市中医院脾胃病科或深圳市第二人民医院消化内科。
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专科疾病 ：如肝胆胰疾病可咨询深圳市人民医院新成立的肝胆胰外科，肿瘤相关腹痛可考虑深圳大学总医院。
建议根据具体腹痛类型（如急症、慢性、肿瘤等）及伴随症状，结合医院专科优势进行选择，并提前通过医院官网或预约平台确认挂号信息。