根据搜索材料和最新的南京医保政策，南京三甲医院的医保报销比例如下：
职工医保报销比例
- 1.门诊报销比例：0-1000元（含）：社区：在职职工报销比例为50%，70岁以下退休职工报销比例为55%，70岁（含）以上退休职工报销比例为60%，建国前老工人报销比例为100%非社区：在职职工报销比例为40%，70岁以下退休职工报销比例为45%，70岁（含）以上退休职工报销比例为50%，建国前老工人报销比例为95%1000元-5000元（含）：社区：在职职工报销比例为70%，70岁以下退休职工报销比例为80%，70岁（含）以上退休职工报销比例为85%，建国前老工人报销比例为100%非社区：在职职工报销比例为60%，70岁以下退休职工报销比例为70%，70岁（含）以上退休职工报销比例为75%，建国前老工人报销比例为95%5000元-15000元（含）：社区：在职职工报销比例为75%，70岁以下退休职工报销比例为85%，70岁（含）以上退休职工报销比例为90%，建国前老工人报销比例为100%非社区：在职职工报销比例为65%，70岁以下退休职工报销比例为75%，70岁（含）以上退休职工报销比例为80%，建国前老工人报销比例为95%
- 2.住院报销比例：一级医疗机构：起付标准为300元，在职职工报销比例为97%，退休职工报销比例为98%二级医疗机构：起付标准为500元，在职职工报销比例为95%，退休职工报销比例为97%三级医疗机构：起付标准为1000元，在职职工报销比例为90%，退休职工报销比例为93%
居民医保报销比例
1.门诊报销比例： 一级医院：起付线为800元，最高支付限额为3000元，报销比例为30% 二级医院：起付线为300元，报销比例为60% 三级医院：起付线为500元，报销比例为55%
2.住院报销比例： 一级医院：不设起付线，报销比例为65% 二级医院：起付线为300元，报销比例为60% 三级医院：起付线为500元，报销比例为55%
大病医疗救助
职工医保参保人员在一个自然年度内，住院发生的医保支付范围内医疗费用，统筹基金支付18万元（含）以下的，支付比例维持不变，18万元（不含）至60万元（含）之间的，支付比例为95%。60万元（不含）以上的，由大病医疗救助基金支付，支付比例为95%
门诊特殊病待遇
门诊特殊病范围包括恶性肿瘤、慢性肾衰竭透析治疗等，因门诊特殊病种到本人选择的定点医院就诊或持外配处方到本人选择的定点药店购药时，须出具医保电子凭证或社会保障卡
总结
南京三甲医院的职工医保住院报销比例最高可达93%，门诊报销比例根据不同费用段和就诊机构有所不同。居民医保的报销比例相对较低，但也在合理范围内。具体报销比例和待遇标准可能会根据政策调整而变化，建议关注最新的官方公告。