三甲中医院和一般意义上的三甲综合医院主要有以下区别：
医疗特色
- 三甲中医院：以中医药理论为基础，突出中医特色诊疗方法，如中药内服、针灸、推拿、拔罐、艾灸等。在治疗一些慢性病、疑难病、老年病以及养生保健方面具有独特优势，强调辨证论治和整体观念，注重对人体自身机能的调整和恢复。例如，对于失眠、脾胃虚弱、风湿痹痛等病症，常采用中药调理和针灸等方法进行治疗。
- 三甲综合医院：以现代医学技术为主导，依靠先进的检查设备和西药治疗手段，如 CT、MRI 等影像学检查，以及手术、化疗、放疗等治疗方法。在急性病、危重病的抢救和治疗方面具有明显优势，能够快速准确地诊断和处理各种紧急病症，如急性心肌梗死、脑卒中等。
科室设置
- 三甲中医院：除了设有中医内科、外科、妇科、儿科、骨伤科等传统中医科室外，也会根据现代医学的发展和患者需求，设置一些中西医结合的科室，如中西医结合肿瘤科、中西医结合心血管科等。同时，还会有针灸科、推拿科、康复科等特色科室，突出中医特色治疗技术。也会配备一些必要的西医辅助科室，如检验科、放射科等。
- 三甲综合医院：科室设置较为全面，涵盖内科、外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、精神科、康复科等各个专业领域，每个科室又细分为多个亚专科，如心内科、呼吸内科、消化内科等。医技科室也非常齐全，包括检验科、放射科、超声科、病理科、药剂科等，能够为临床诊断和治疗提供全面的技术支持。
人才结构
- 三甲中医院：人才队伍以中医专业人才为主，包括中医医师、中药师等，他们需要具备扎实的中医理论基础和丰富的临床经验。同时，为了开展中西医结合治疗和现代医学检查、护理等工作，也会配备一定数量的西医专业人才和护理人员。
- 三甲综合医院：以西医专业人才为主体，包括各科的临床医师、药师、检验师、放射技师等，他们接受系统的现代医学教育和培训。部分综合医院也会引进一些中医专业人才，开展中医诊疗服务，但中医人才相对较少。
科研方向
- 三甲中医院：科研重点通常围绕中医药的基础理论、临床应用、中药新药研发、中医特色疗法的机制研究等方面展开。例如，研究中药复方对某些疾病的治疗作用及其作用靶点，探索针灸、推拿等疗法的神经调节机制等。同时，也会关注中西医结合的研究，如何将中医和西医的优势相结合，提高临床疗效。
- 三甲综合医院：科研方向主要集中在现代医学领域，如疾病的发病机制、诊断新技术、治疗新方法、药物研发等方面。例如，研究肿瘤的基因治疗、心血管疾病的介入治疗技术改进、新型抗生素的研发等。虽然也可能涉及一些中西医结合的研究，但相对来说不是重点。