医保自费金额的扣除方式如下：
一、扣除渠道与资金来源
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医保个人账户余额优先扣除
医保报销时，系统会优先使用参保人员医保个人账户内的资金支付自付部分。若个人账户余额不足，则需通过现金或其他支付方式补足差额。
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个人账户余额不足时的支付方式
当个人账户资金不足以覆盖自付金额时，剩余部分需由参保人员自行承担，支付方式包括现金、银行卡或第三方支付平台。
二、自费的具体构成
医保自费主要分为两类：
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医保目录内自付
包括起付线以下费用、乙类药品/项目先行自付比例（如乙类药需自付10%-30%）、超过年度报销限额（封顶线）以上的费用，以及医保目录内按比例自付的部分。
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医保目录外自费
指完全不在医保报销范围内的药品、诊疗项目、耗材等，需由参保人员全额支付。
三、示例说明
假设某次就医花费5000元，医保报销规则如下：
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起付线为800元，封顶线为5万元；
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乙类药品/项目自付比例为20%；
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统筹报销比例为80%。
计算过程 ：
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可报销金额 ：（5000-800）×80% = 3360元
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个人自付金额 ：5000 - 3360 = 1640元
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其中：
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起付线以下800元 + 乙类药自付部分（假设200元）+ 超出封顶线的部分（如100元）= 800 + 200 + 100 = 1100元
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剩余540元由个人账户余额支付，不足部分用现金补足。
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四、注意事项
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医保目录范围 ：医保报销需符合当地医保目录规定，药品、诊疗项目等需在目录内；
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个人账户余额查询 ：可通过医保官方渠道查询账户余额及消费明细。
通过以上方式，医保自费金额会优先从个人账户扣除，不足部分再通过其他方式补足。