根据我国现行医保政策，医保统筹账户的资金不会因为连续两年未使用而清零。具体说明如下：
一、统筹账户性质与资金管理
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统筹账户资金不清零
医保统筹账户（包括职工医保和城乡居民医保）属于集体所有资金，由社保机构统一管理和调剂使用，用于支付符合规定的医疗费用。即使参保人连续两年未使用统筹账户资金，账户余额也不会清零。
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年度支付限额与清零规则
统筹账户设有年度支付限额（如门诊统筹额度），该限额每年根据政策调整，且不跨年累计。例如，某年度门诊统筹额度为1.5万元，当年未用完的金额不会结转到下一年度，下一年度将重新计算限额。但需注意，这种“年度支付限额”与账户整体是否清零是两个不同概念。
二、个人账户与统筹账户的区别
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个人账户不清零
职工医保个人账户属于个人及其亲属专用，当年未使用的余额会自动结转至下一年度，可继续使用。
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门诊统筹额度的特殊性
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若门诊费用未超过当年支付限额，医保会全额报销，超出部分由个人承担。
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即使连续两年未就医，门诊统筹额度也不会清零，但需注意年度支付限额的重新计算。
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三、特殊情况说明
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医保停缴影响 ：若医保连续停缴6个月以上，将无法享受医保报销待遇，但账户余额仍可用于医疗消费，不会清零。
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跨年政策调整 ：年度支付限额会随政策调整，但不会影响账户的累计使用性质。
综上，医保统筹账户（含门诊统筹额度）不会因连续两年未使用而清零，但需注意年度支付限额的年度更新规则。