手机缴费农村合作医疗的发票开具方式有以下几种：
- 线下开具 ：
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村干部代收 ：通常由村干部代收费用后，统一上缴到当地社保局指定的缴费网点（一般为农村信用社），然后拿着缴费凭证和缴费花名册到乡镇财政所打印发票。
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银行柜台 ：如果选择通过银行柜台缴费，可以凭借缴费凭证到当地乡镇财政所打印发票。
- 线上开具 ：
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电子发票 ：通过手机银行或相关支付平台（如支付宝、微信）缴费后，系统会自动生成电子发票，用户可以下载或打印。
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快递邮寄 ：有些保险公司会在交易完成后将发票寄送到用户的地址。
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支付宝 ：进入支付宝主页，点击“发票管理器”，选择“自动开票选项”，然后选择“医疗电子发票”选项，查看状态是否打开，打开后即可获取电子发票。
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微信 ：通过微信缴费后，可以在微信中查看并下载电子发票，或者通过微信的“城市服务”功能中的“医保”选项进行操作，生成并下载电子发票。
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税务微信公众号 ：关注“福建税务”微信公众号，通过“微办税”——【医保社保业务】中的【开具缴费证明】功能，输入证件号码和姓名信息，申请开具缴费证明。
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税务APP ：下载安装福建税务APP，登录后选择【个人（社）医保办费】，根据提示操作，生成并下载缴费证明。
建议选择线上开具电子发票的方式，方便快捷，避免了线下打印的麻烦。如果需要纸质发票，可以选择快递邮寄或到指定网点领取。