民国时期，四川的土司制度经历了重要的变革和调整。四川的土司主要分布在川西北的茂县、汶川、松潘、理番、懋功、黑水等藏羌民族聚居地区。尽管部分土司制度在清末民初有所改革，如“改土归流”，但土司和土官在藏羌民族中仍具有较大的影响力。
一些主要的土司包括：
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沙马宣抚司 ：原驻牧昭觉县古里拉达区日哈乡，后搬迁至雷波县瓦岗区米谷乡。汉姓安，彝族称为“沙马兹莫”。
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邛部宣抚司 ：驻牧甘洛县岩润地区。汉姓岭，彝族称“使子兹莫”。
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木里土司 ：位于今凉山州木里县一带，其辖区涵盖了木里县的大部分地区。统治家族为项氏家族，在藏语中称“甲波”，汉姓项。
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卓克基土司 ：位于今阿坝藏族羌族自治州马尔康市卓克基镇。家族在当地统治历史悠久，土司索观瀛积极参与地方事务，与周边土司及政府都有一定的往来和互动。
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梭磨土司 ：在今阿坝藏族羌族自治州马尔康市梭磨乡一带。
此外，民国时期四川的土司制度还受到军阀防区制的影响。1935年底，国民党政府将羌族地区划入“四川省第十六行政督察区专员公署”管辖，专署即设在茂县，并实行保甲制。
总的来说，民国时期的四川土司制度在保留传统的同时，也受到了现代政治和军事制度的影响，逐渐走向衰落和最终消失。