农村合作医疗卡丢失后住院报销流程如下：
一、住院期间处理
- 挂失与费用垫付
确认医保卡丢失后，需携带身份证和村委会开具的丢失证明到当地社保局挂失。挂失后，医保卡将进入暂停使用状态，但医保待遇仍可正常享受（部分地区需15个工作日补卡，具体以当地规定为准）。
- 若住院时无法立即补卡，可先自费结算住院费用，出院时凭病历、费用清单、诊断证明等材料申请报销。
- 保留就医凭证
住院期间需妥善保管病历、费用清单、诊断证明、出院小结等材料，这些是报销的核心依据。
二、出院后报销流程
- 准备报销材料
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必备文件 ：身份证或户口簿、新农合医疗证（或临时医保卡）、住院病历、费用清单、诊断证明、出院小结、住院发票。
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特殊情况处理 ：若在异地就医，需额外提供转院证明。
- 提交报销申请
携带上述材料至当地新农合经办机构办理报销手续。部分地区支持委托他人代办，代办需提供代办人身份证明。
- 费用结算
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出院时医院会垫付医保报销部分，剩余自付部分由参保人结清。
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补卡后，医保报销比例将恢复，次月开始生效。
三、注意事项
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补卡时间 ：普通卡一般需15个工作日领回，部分地区可当场办理或委托代办。
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费用承担 ：医保卡挂失前产生的医疗费用需个人全额承担。
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异地就医 ：跨省就医需提前备案，按省级规定办理转院手续。
若在补卡期间发生住院，无需担心医保中断，但建议尽快补卡以恢复待遇。