农村合作医疗在县级医院的报销比例根据医疗机构类型和费用段有所不同，具体如下：
一、住院报销比例
- 县级定点医疗机构
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起付线500元：500-10000元部分报销65%
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起付线10000元：10000元以上部分报销50%
- 其他级别医院
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三级医院：起付线1000元：10000元以下报销45%，10000元以上40%
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市级/省级医院：起付线700/1000元：6000元以下65%，6000元以上80%
二、门诊报销比例
- 县级医院 ：普通门诊报销30%
三、其他注意事项
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起付线差异 ：不同地区对起付线设定不同，例如武汉县二级医院起付线400元，而部分省份可能更高。
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大病医疗 ：超过5000元部分分段补偿，如10001-18000元补偿65%，18001-36000元补偿70%。
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特殊病种 ：高血压、糖尿病等慢性病门诊报销比例可达60%-80%。
四、计算示例（以县级医院为例）
若某患者在县级医院住院花费15000元：
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起付线500元，报销范围14500元
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500-10000元部分按65%报销，即6500元 * 65% = 4225元
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超过10000元的4500元按50%报销，即4500元 * 50% = 2250元
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总报销金额：4225元 + 2250元 = 6475元（未考虑其他报销渠道如大病保险）
建议参保人员就医前咨询当地医保部门，具体比例可能因地区政策差异而调整。