余额会被妥善保管，不会被清零
上海医保当年账户余额用完后， 不会影响医保待遇的享受，余额会被妥善保管，不会被清零 。具体操作如下：
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当年账户资金 ：在每年7月1日医保年度起始时，预先计入医保个人账户的资金。如果当年账户资金用完了，个人需要承担门急诊自负段费用，超出部分根据医院类别按不同比例承担，其余由统筹基金支付。
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历年结余资金 ：在次年6月30日年度末按规定清算计息后，留存在医保个人账户的资金。这些资金的本金和利息始终属于个人。因此，即使当年账户资金用完，历年结余资金仍然可以用于支付医疗费用。
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共济健康账户 ：如果医保个人账户余额用完后，可以使用绑定的亲属卡刷卡买药。在使用共济健康账户时，需先使用本人历年个人账户资金，后使用本人共济健康账户资金。
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门诊自费线 ：对于上海城镇职工医保，如果历年余额也用完了，那么会有一条门诊的自费线，自费的金额是500元。超过500元的部分会根据医院的等级来分配自费的比例。
综上所述，上海医保当年账户余额用完后，个人需要承担部分费用，但历年结余资金和共济健康账户仍然可以用于支付医疗费用，确保医保待遇的连续享受。建议参保人合理使用医保账户资金，及时续保，以保持医保待遇的稳定性。