灵活就业者在住院时，以下项目是不予报销的：
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工伤费用 ：若灵活就业者被认定为工伤，相关医疗费用应由工伤保险支付。但许多灵活就业者未单独缴纳工伤保险，此时医保不兜底，建议自行购买商业保险或与用工方明确责任。
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第三方全责事故 ：例如送外卖时被撞或自由职业者因纠纷受伤等，若责任明确由他人承担（如肇事者、侵权方），医保不报销。但若责任未完全划分，可凭交警或法律文书，报销剩余部分。
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非医保目录项目 ：医保报销严格限定在药品、诊疗项目、服务设施三大目录内。例如，拔牙能报，但种牙、贴牙美白等美容项目不报；感冒开药能报，但开“褪黑素”“减肥药”等保健品自费。
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公共卫生服务 ：免费体检、疫苗接种、健康讲座等费用由国家公卫经费承担，医保不重复报销。灵活就业人员可多关注社区提供的免费服务，省钱又实用。
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境外就医 ：无论是旅游期间突发的疾病还是代购时顺便看病，医保都不予报销。因此，建议在出境前购买含有医疗保障的旅行保险。
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非定点机构就医 ：灵活就业者常因工作流动性大，临时去小诊所或私立医院，但若机构非医保定点，费用全自担。可通过“国家医保服务平台”APP提前查询定点医院。
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不予报销的诊疗项目范围 ：包括服务项目类（如挂号费、院外会诊费、病历工本费等）、非疾病治疗项目类（如美容、健美项目、减肥等）、诊疗设备及医用材料类（如大型医疗设备检查治疗项目、眼镜、义齿等）、治疗项目类（如器官移植等）以及其他（如不育症、性功能障碍的诊疗项目等）。
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其他不报销的生活服务项目和服务设施费用 ：包括就诊转诊的交通费、急救车费、空调费、电视费、电话费、婴儿保温箱费、食品保温箱费、陪护费、护工费、洗理费、门诊煎药费、膳食费、文娱活动费以及其他特需生活服务费用。
综上所述，灵活就业者在住院时需特别注意以上不报销的项目，建议提前了解清楚相关政策和规定，以减少不必要的费用支出。