新农合在医院门诊不报销的原因主要有以下几点：
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就诊医院级别问题 ：新农合通常只报销在签约的一级医院（如乡镇卫生院）的门诊费用，且门诊报销有起付线，即年度累计费用在5000元以上的部分才能享受50%的报销。
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未签约医院 ：即使是在一级医院就诊，如果与医院没有签约，也不能进行报销。
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报销限额 ：新农合对于各项检查费及手术费设有报销限额，如果检查费用超过限额，超出部分将无法获得报销。
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特殊检查项目 ：某些特殊检查项目可能不在新农合的报销范围内，或者需要满足特定条件才能获得报销。
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政策法规限制 ：根据国家卫生健康委员会制定的《基本医疗保险药品和诊疗项目目录》，新农合医疗保险仅可以报销医院门诊中的特定种类药品和检查项目，普通门诊并不在报销范围之内。
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医疗资源限制 ：由于城乡发展不平衡，农村地区的卫生医疗资源匮乏，许多小型镇村的医院没有门诊部，这也使得报销门诊费用更加困难。
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个人因素 ：一些农民朋友对新农合医疗保险政策的了解程度不高，不知道在什么情况下可以报销门诊费用，或者不重视门诊报销。
综上所述，新农合在医院门诊不报销的原因涉及政策、资源、个人等多个方面。建议农民朋友们了解相关政策，选择合适的医疗机构就诊，并妥善保存相关凭证，以便在符合条件的情况下享受报销待遇。