农村合作医疗的报销流程如下：

1. 门诊医疗费用报销 ：

• 定点医疗机构就诊 ：参保人在定点的乡镇卫生院、村卫生室、社区卫生服务中心等基层医疗机构就诊时，可以使用农村合作医疗报销部分门诊费用。参保人可直接凭借医保卡或身份证进行挂号和结算，系统会自动计算报销金额，参保人只需支付个人自付部分。

• 门诊统筹报销 ：许多地区实行门诊统筹制度，设定一定的报销比例和年度报销限额。例如，有的地区门诊统筹报销比例为50%，年度报销限额为几百元不等。报销范围通常包括普通门诊诊查费、治疗费、药品费等符合基本医疗保险支付范围的费用。

2. 住院医疗费用报销 ：

• 办理住院手续 ：当参保人因病需要住院治疗时，在定点医院的住院收费处出示医保卡或身份证、农村合作医疗证等相关证件，办理住院登记手续。医院会核实参保人的身份信息和医保参保情况。

• 缴纳住院押金 ：根据医院的要求，参保人通常需要缴纳一定数额的住院押金。住院押金在出院结算时会根据实际医疗费用和报销情况多退少补。

• 住院治疗期间 ：在住院治疗过程中，医院会按照医保规定的诊疗项目和药品目录为参保人提供医疗服务。使用医保目录内的药品、诊疗项目和医疗服务设施，可享受医保报销。

• 出院结算 ：出院时，参保人到医院的出院结算窗口办理结算手续。医院会出具住院费用清单和结算单，系统会自动计算农村合作医疗可报销的金额。报销比例根据医院的等级和费用分段有所不同。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 报销资料的准备和提交 ：

• 参保者出院后，将经患者本人签字或盖章的住院发票、出院记录、费用清单、转诊证明及本人身份证复印件或户籍证明缴本乡镇合管所，经审核后集中统一送交市农保业务管理中心。未记载的医药费用以及城镇职工医疗保险规定不予报销的诊疗项目不纳入报销范围。

5. 异地就医报销 ：

• 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

建议：

• 参保人应妥善保管好在定点医院就诊的门诊医疗单据（含大额以下部分的收据、处方底方等），作为医疗费用报销凭证。

• 对于特殊病种，参保患者应及时向新农合业管中心提出申请，并提供相关证明材料，以便及时享受门诊报销待遇。

• 参保人应注意及时提交报销资料，以免影响报销进度和金额。