农村合作医疗的报销方式根据具体情况有所不同：
定点医疗机构即时结算
住院费用：参合农民在市内定点医疗机构住院治疗时，凭合作医疗证、卡和户口本预交一定额度的押金后办理住院手续，出院时只需结清自付部分，补偿部分由定点医疗机构垫付。
门诊费用：参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、村两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用，门诊医疗总费用减去门诊补偿费用后，剩余部分由参保农民现金结算。
先垫付后报销
异地就医：如果参合人员在异地就医，通常需要先自行垫付全部医疗费用，然后携带相关材料回到参保地，向当地的农村合作医疗管理机构申请报销。
非定点医疗机构就医：如果在非定点医疗机构就医，一般也需要先垫付费用，再拿着相关材料到医保部门进行报销。
特殊情况：如门诊慢性病、重大疾病等特殊情况下，可能需要先垫付费用，再按规定流程报销。
特殊情况
重大疾病或特殊情况：在一些重大疾病或特殊情况的报销中，可能需要先垫付费用，再进行报销。例如，对于一些重大疾病的治疗费用，可能需要先垫付，然后再按照规定比例报销。
转诊就医：农民经批准到县（市）级以上医疗机构就医，可先自行垫付有关费用，再由本县（市）新型农村合作医疗经办机构按相关规定及时审核报销。
农村合作医疗的报销方式既有定点医疗机构的即时结算，也有先垫付后报销的情况，具体取决于就医的地点、医疗机构的性质以及是否为特殊情况。