目前没有治疗灰指甲的绝对特效药，但以下药物在治疗灰指甲方面被广泛应用，效果较好：
外用药物
阿莫罗芬搽剂 ：属于广谱抗真菌药，抗菌谱广泛，对皮肤癣菌、酵母菌、霉菌均有效果，不仅能抑制真菌细胞的生长，还能直接杀灭真菌。其具有独特的分子结构和制剂剂型，具有高甲板亲和力与渗透性，可以渗透并通过角质层来发挥疗效，每周仅需使用 1-2 次，除怀孕、备孕及哺乳期妇女外的患者都可以用。
盐酸特比萘芬乳膏 ：涂抹于皮肤后，能够抑制真菌细胞膜的形成，从而发挥抗真菌作用，对甲癣、体癣等真菌感染引起的皮肤疾病，治疗效果较好。
冰醋酸溶液 ：有低浓度和高浓度之分，低浓度的 10% 冰醋酸可以直接浸泡，高浓度的 30% 冰醋酸溶液只能涂抹。使用前先用小刀或指甲锉尽量去除病甲，再用 30% 冰醋酸溶液涂抹，直至新甲长出为止。
口服药物
伊曲康唑胶囊 ：属于口服类抗真菌药物，常需要和外用药物联合使用，对灰指甲有较好的治疗效果，但需注意其可能对肝脏功能产生影响，用药前和用药过程中，需要定期检查肝功能。
盐酸特比萘芬片 ：对于皮肤霉菌引起的甲癣，或者毛癣菌引起的甲癣，均有治疗效果，也需要和外用药联合使用，其副作用相对较小，但需在医生指导下使用。
灰指甲的治疗通常需要较长时间，患者应耐心坚持用药，并在医生指导下根据病情选择合适的药物和治疗方案。