马克思在《莱茵报》时期的烦恼主要源于对黑格尔哲学的批判性思考与现实问题的冲突，其核心矛盾可概括为以下三点：
一、理论与现实的冲突
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黑格尔哲学的局限性
马克思曾指出，黑格尔的法哲学将物质生活关系（市民社会）从属于国家理念，认为国家理性能够解释一切社会现象。现实中的资产阶级立法（如《摩泽尔法典》）却严重侵犯了农民等群体的历史权利，这种客观存在无法用国家理性解释。
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对国家与市民社会关系的困惑
马克思意识到，国家并非独立于物质生活关系存在，而是由市民社会（即经济基础）所决定。但黑格尔理论却将市民社会视为国家理念的附属，这种观念与现实严重脱节，导致他陷入“苦恼的疑问”。
二、学术研究与实践的矛盾
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缺乏经济研究基础
马克思在《莱茵报》期间频繁参与物质利益相关的辩论（如林木盗窃、农民状况等），但当时尚未系统研究经济问题，缺乏对物质生活关系社会历史作用的深刻理解。这种理论与实践的脱节使他在辩论中常感力不从心。
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理想主义者的困境
作为青年黑格尔派成员，马克思原本相信思想、观念是历史发展的决定力量，但现实中的贫困、阶级矛盾等问题让他不得不重新审视黑格尔的“思想世界”。
三、学术理想与现实压力的博弈
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《莱茵报》的挫折
马克思因发表对普鲁士政府的批评文章被解职，创办《莱茵报》的理想破灭，使其陷入政治与学术的双重困境。
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转向理论探索
在《莱茵报》工作期间，马克思逐渐转向对黑格尔法哲学的批判，并通过《黑格尔法哲学批判》等著作，提出“物质生活的生产方式决定社会生活”的历史唯物主义观点，试图解决上述矛盾。
总结
马克思在《莱茵报》时期的烦恼是理论与实践、学术理想与现实压力交织的结果。这一阶段的思考不仅推动了他对黑格尔哲学的批判，更为历史唯物主义的创立奠定了基础。