第一是病因的治疗，最理想的治疗是去除肾积水病因保留患肾，手术方式一般是根据病人的性质，例如先天性的肾盂输尿管交界处狭窄，可做肾盂成形术，肾输尿管结石可行碎石或者取石术，这些手术近年来可以用内腔镜微创的方法进行手术，术后的肾积水、肾功能会有所改善。第二肾造瘘术，如果情况危急或者肾积水病因不能确定，应该及时在梗阻以上先行引流控制感染，再进行去除病因的手术。如果梗阻的原因不能解除，肾造瘘就是一种永久的治疗措施。第三肾切除术，肾积水严重时剩余的肾实质过少，或者伴有严重感染如肾积脓，若对侧肾脏功能良好可以切除病肾。

肾结石多发于青壮年，我国南方肾结石的发病率较北方多。若结石多次在肾脏内形成，对于治疗，第一结石小于一厘米可行药物排石保守治疗，多饮水。第二小结石久治未愈的不能排除或者大于一厘米的结石，应该首选体外冲击波碎石术。第三结石体积比较大，大于3厘米以上，或者是鹿角状结石、多发性结石，单独的应用体外冲击波碎石术并不是一个很好的治疗方法，需要几种方法联合应用，比方经皮肾切、经皮肾镜等，一般也是去除以后留置导尿管，再进行后期的二期治疗。第四对于尿酸结石、胱氨酸结石，则应该以体外冲击波碎石为主，联合碱性药物溶石进行联合治疗。第五结石治疗后，预防结石极为重要，除了多喝水以外，应该针对于不同成分的结石，采用不同的药物治疗。以上的药物质量、药物剂量、用药的方法和时间，需要遵照医嘱。