巧克力囊肿是一种特殊类型的子宫内膜异位症。是子宫内膜异位到卵巢形成的，也叫卵巢子宫内膜异位症囊肿。在早期病变很小的时候，它位于卵巢的浅表皮层，随着病变的发展异位内膜会侵犯到卵巢的皮质，并且在皮质内增长，反复周期性的出血，就形成一个或者多个的囊性结构。
这些囊肿里面含有的液体是一些陈旧性的血液，颜色是暗红色的像巧克力酱一样，所以又把它们称为卵巢巧克力囊肿。其主要的表现为痛经进行性加重、性交痛、不孕以及月经失调。可造成卵巢子宫病变甚至引起不孕。治疗的原则是根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育的要求，患者的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。
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