如果患者有严重的睡眠障碍，临床上的治疗是联合治疗，常规需要应用治疗睡眠障碍的药物。严重的睡眠障碍在治疗上需要三管齐下，包括药物治疗、睡眠认知行为治疗和物理治疗，同时采用三种治疗方法能快速使睡眠的状态得到改善。总之，严重睡眠障碍的治疗，根据临床经验，需要多管齐下，多方面共同干预。
心理治疗方面，即指睡眠认知行为治疗，从生活习惯方面来长期形成良好的正反馈，让睡眠的功能得到恢复。在物理治疗上，可以通过音乐疗法，或者经颅磁刺激治疗和经颅电刺激治疗，来帮助睡眠功能核团的恢复。药物治疗上会给予多管齐下的干预，除了苯二氮卓类药物和非苯二氮卓类药物的联用，可能会用常规的抗焦虑抑郁等调节神经递质的药物；甚至会利用精神药物的镇静作用来帮助改善睡眠。
睡眠障碍有严重和不严重的区分，但是睡眠障碍的严重程度有客观的评估标准。有的人觉得自己睡眠障碍非常严重、非常痛苦，但是经过多导睡眠监测或者其他评估，其实睡眠整体质量还是可以的。如果是轻度睡眠障碍，可以通过行为模式的改变和物理治疗的方法，能帮助改善睡眠，就可以不需要药物治疗。
