重症肌无力是累及到神经肌肉接头的自身免疫性疾病，重症肌无力是不能完全治愈的，但是可以通过治疗使患者得到症状的基本控制，恢复正常的生活状态。主要的治疗方法包括药物治疗和手术治疗。
药物治疗包括，第一大类药物是胆碱脂酶的抑制剂，重症肌无力的主要原因是自身免疫性抗体的形成导致乙酰胆碱受体的阻滞，服用胆碱脂酶抑制剂可以补充乙酰胆碱，从而使肌无力的症状得以恢复，即对症治疗，但是不能去除重症肌无力的病因。第二大类药物是激素，即通过激素的抗炎、调节免疫的作用减少患者乙酰胆碱受体抗体的产生，从而缓解病情并减轻患者的症状。但是激素治疗有很多的副作用，因为激素需要长期口服，患者会有肥胖、骨质疏松、低钾、糖尿病、血糖增高等副作用，所以在服用激素的同时要定期到门诊调整激素的用量和监测副作用出现的可能性。在重症肌无力发作的急性期出现重症肌无力危象的情况下，可以使用大剂量的激素冲击治疗、免疫球蛋白或者血浆置换等。第三大类是免疫抑制剂，就是长期口服激素的病人因为激素的副作用而出现不耐受的情况下，可以加用免疫抑制剂，从而抑制乙酰胆碱受体抗体的产生。免疫制剂的种类有很多，当然也包括副作用，比如骨髓抑制引起血细胞、血小板的减少，还有肝肾的毒性等，所以当服用免疫抑制剂的同时也应该到门诊监测用药的副作用。
手术治疗是因为重症肌无力常常合并有胸腺增生或者是胸腺瘤，所以在治疗重症肌无力的同时要经常复查胸腺CT，当监测到有胸腺瘤或者胸腺增生存在的时候，可以考虑胸腺切除手术，从而延缓重症肌无力发生的进展。
